从境外运入保税区或保税区运往境外的货物，免征海关关税、增值税、消费税、免许可证;货物从保税区运往国内非保税区、视同进口，办理报关手续并缴纳关税和进口环节增值税。

从境外进入保税区供保税区内使用的机器设备、基建物资、办公用品、管理设备，以及为加工出口产品所需的原材料、零配件、元器件、燃料、包装材料，免征关税、增值税和消费税。

转口货物和在保税区内储存的货物按保税货物管理。

区内加工企业全部用境外运入料、件加工的制成品销往非保税区时，海关按照进口制成品征税。用含有境外运入料件加工的制成品销往非保税区时，海关对其制成品按照所含境外运入料、件征税。

货物从国内非保税区运入保税区，视同出口，待货物实际离境时，可按规定办理出口退税手续。

保税区内投资企业固定资产如因特殊需要，经税务部门批准，可依照税法规定实行加速折旧。

外商投资企业所得的利润和外籍职工的工资、薪金及其他合法收入，纳税后可汇往境外。

免征固定资产投资方向调节税。

保税区内投资企业固定资产如因特殊需要，经税务部门批准，可依照税法规定实行加速折旧。

海外留学人员投资高科技项目，可享受项目专项财政补助、研发生产贷款贴息和研发生产用房租金补贴等优惠政策。

除国家禁止进口的商品外，允许保税区仓储企业根据国际、国内市场的变化，在保税区内储存国内外市场需要的商品。

除国家禁止进出口的货物外，货物在保税区与境外和在保税区内可以自由流转。保税区与境外之间进出的货物(企业自用物资除外)实行备案制。

保税区海关具有口岸监管和区域监管的功能，区内的企业进出口货物在港口和保税区之间可以"直提直放"。

大型物流分拨企业可以实行"货物分批出区、集中报关"的政策。

保税区企业在区内储存的货物品种和仓储时间不受限制。

企业在保税区内可以对储存和转口的货物进行分级、包装、挑选、分装、改装、刷贴商标或标志等商业性加工。

鼓励企业从事国际货物的分拨、集散、配送等业务。上述企业经批准可从事货物的运输、代理及相关的业务。

境外企业的货物可委托给保税区企业在区内储存并由其代理进口销售。